WWW.REFERATCENTRAL.ORG.UA - Я ТУТ НАВЧАЮСЬ

... відкритий, безкоштовний архів рефератів, курсових, дипломних робіт

ГоловнаРізне → In silico дизайн інгібіторів протеїнкінази СК2 (автореферат) - Реферат

In silico дизайн інгібіторів протеїнкінази СК2 (автореферат) - Реферат

  1. Сапелкін В.М., Лукашов С.С., Голуб А.Г., Бджола В.Г., Яковенко О.Я., Ярмолюк С.М., Дубініна Г.Г. Застосування 4-заміщених 3-карбоксихінолінів як інгібіторів протеїнкінази СК2. Пат. UА68984 А, C07D215/00, 2004-08-16.

Особистий внесок здобувача - планування стратегії пошуку інгібіторів СК2, віртуальний скринінг похідних 3-карбоксихінолінів, аналіз залежності "хімічна структура-біологічна активність".

  1. Приходько А.О., Голуб А.Г., Яковенко О.Я., Бджола В.Г., Дубиніна Г.Г., Ярмолюк С.М. Застосування 4,5,6,7-тетрагалогено-1,3-ізоіндоліндіонів як інгібіторів протеїнкінази СК2. Пат. UA69165 А, С07D215/00, 2004-08-16.

Особистий внесок здобувача - віртуальний скринінг похідних тетрагалогеноізоіндолів, аналіз залежності "хімічна структура-біологічна активність".

  1. SapelkinV.M.,LukashovS.S., Golub A.G., YakovenkoO.Ya.,BdzholaV.G.,Dubinina G.G., Yarmoluk S.M. Search of protein kinase CK2 inhibitors among combinatorial library of quinasoline and quinoline derivatives // Conference for students, PhD students and young scientists, Institute of Molecular Biology and Genetics. Kyiv (Ukraine), 2003. – P. 206.

Особистий внесок здобувача - віртуальний скринінг похідних амінохіноліну та амінохіназоліну, аналіз залежності "хімічна структура-біологічна активність".

  1. SapelkinV.M., LukashovS.S., Golub A.G.,YakovenkoO.Ya., BdzholaV.G., DubininaG.G.,YarmolukS.M. Development of protein kinase CK2 inhibitors among the combinatorial libraries of quinazoline and quinoline derivatives // CNCH-2003. Kharkiv (Ukraine), 2003. – P. 257.

Особистий внесок здобувача - віртуальний скринінг похідних амінохіноліну та амінохіназоліну, аналіз залежності "хімічна структура-біологічна активність".

  1. Golub A.G., Yakovenko O.Ya., Bdzhola V.G., Yarmoluk S.M. Study of Casein kinase II inhibitory activity of 4-aminoquinoline and 4-aminoquinazoline derivatives by combined docking-molecular dynamics approach // 3rd International conference "Inhibitors of Protein kinases 2003". – Warsaw (Poland), 2003. – P. 584.

Особистий внесок здобувача - віртуальний скринінг похідних амінохіноліну та амінохіназоліну, аналіз залежності "хімічна структура-біологічна активність".

  1. Kostenko O.M., Yakovenko O.Y., Golub A.G., Bdzhola V.G., Sapelkin V.M., Yarmoluk S.M. 3-Carboxy-4-(1H)-quinolones as inhibitors of Human Casein Kinase 2 (CK2) // Wold Conference on Magic Bullets. - Nurenberg (Germany), 2004.– P. 273.

Особистий внесок здобувача - параметризація програми докінгу, докінг похідних 3-карбоксихінолонів, аналіз особливостей їхнього зв'язування в активному сайті СК2.

  1. SapelkinV.M., LukashovS.S., MakovenkoI.E., GolubA.G., YakovenkoO.Ya., BdzholaV.G., KostenkoA.M.,YarmolukS.M. Search of CK2 kinase inhibitors among quinoline and quinazoline derivatives // XX Українська конференція з органічної хімії. – Одесса (Україна), 2004. – С. 563.

Особистий внесок здобувача - докінг похідних амінохіноліну та амінохіназоліну, побудова моделі їхнього зв'язування в активному сайті СК2, аналіз залежності "хімічна структура-біологічна активність".

  1. Golub A.G., Bdzhola V.G., Yakovenko O.Ya., Sapelkin V.M., Yarmoluk S.M. Evaluation of 3-carboxy-4-(1H)-quinolones as inhibitors of human protein casein kinase 2 // 4rh International conference "Inhibitors of Protein kinases-2005". – Warsaw (Poland), 2005. – P. 102.

Особистий внесок здобувача - віртуальний скринінг та розрахунок молекулярної динаміки похідних 3-карбоксихінолонів, розробка моделі їхнього зв'язування в активному сайті СК2, аналіз залежності "хімічна структура-біологічна активність".

  1. Golub A.G., Bdzhola V.G., Yakovenko O.Ya., Sapelkin V.M., Yarmoluk S.M. Evaluation of 3-carboxy-4-(1H)-quinolones as novel inhibitors of human protein kinase CK2 // International Symposium on Advanced Science in Organic Сhemistry. – Sudak (Ukraine), 2006 – C-200.

Особистий внесок здобувача - параметризація програм докінгу та молекулярної динаміки, докінг та розрахунок молекулярної динаміки похідних 3-карбоксихінолонів, побудова моделі їхнього зв'язування в активному сайті СК2, аналіз залежності "хімічна структура – біологічна активність", власноруч написано основну частину статті.

  1. Golub A.G., Bdzhola V.G., Yakovenko O.Y., Sapelkin V.M., Yarmoluk S.M. Evaluation of 3-carboxy-4-(1H)-quinolones as novel inhibitors of human protein kinase CK2 // The 5th Annual IIR Protein Kinases Congress. – Zurich (Switzerland), 2006.

Особистий внесок здобувача - параметризація програм докінгу та молекулярної динаміки, докінг та розрахунок молекулярної динаміки похідних 3-карбоксихінолонів, побудова моделі їхнього зв'язування в активному сайті СК2, аналіз залежності "хімічна структура – біологічна активність".

АНОТАЦІЯ

Голуб А. Г. Insilicoдизайн інгібіторів протеїнкінази СК2. – Рукопис.

Дисертація на здобуття наукового ступеня кандидата біологічних наук за спеціальністю 03.00.03 – молекулярна біологія. – Інститут молекулярної біології та генетики, Київ, 2007.

Метою дисертаційної роботи була розробка нових низькомолекулярних інгібіторів СК2 людини та дослідження їхньої взаємодії з амінокислотними залишками активного центру СК2 методами комп'ютерного моделювання. За допомогою методу гнучкого докінгу знайдено низку нових інгібіторів СК2 серед комбінаторних бібліотек 4-амінохіназолінів та 4-амінохінолінів, а також два нових класи високоактивних специфічних інгібіторів СК2 – 3 карбокси-4-(1Н)-хінолони та тетрагалогено-1,3-діоксо-2,3-дигідроізоіндоли. На основі результатів гнучкого докінгу та розрахунків молекулярної динаміки, для отриманих інгібіторів розроблено моделі їхньої взаємодії з активним сайтом СК2 та пояснено вплив хімічних замісників їхньої структури на біологічну активність. Досліджена специфічність нових інгібіторів щодо СК2. Проведено порівняльний аналіз їхніх типів зв'язування з типами зв'язування відомих інгібіторів СК2. На основі аналізу отриманих комплексів "СК2-інгібітор", аналізу співвідношення "хімічна структура – біологічна активність" та розрахунків термодинамічної інтеграції спрогнозовано напрямки подальшої хімічної оптимізації нових інгібіторів СК2.

Ключові слова: протеїнкіназа СК2, віртуальний скринінг, гнучкий докінг, інгібітор, тип зв'язування, активний сайт.

АННОТАЦИЯ

Голуб А. Г. In silico дизайн ингибиторов протеинкиназы СК2. – Рукопись.

Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальности 03.00.03 – молекулярная биология. – Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины, Киев, 2007.

2 , 2 . , 2 4-аминохиназолинов и 4-аминохинолинов, а также два новых класса высокоактивных специфичных ингибиторов СК2 – 3-карбокси-4-(1Н)-хинолоны и тетрагалогено-1,3-диоксо-2,3-дигидроизоиндолы. На основе результатов гибкого докинга и расчетов молекулярной динамики, для полученных ингибиторов предложена модель взаимодействия с активным сайтом СК2 и объяснено влияние их химических заместителей на биологическую активность. Изучена специфичность новых ингибиторов по отношению к СК2. На основе анализа полученных комплексов "СК2-ингибитор", анализа соотношения "химическая структура – биологическая активность" и расчетов термодинамической интеграции спрогнозированы направления дальнейшей химической оптимизации новых ингибиторов СК2.

Loading...

 
 

Цікаве